Op 12 augustus 1896 werd in Tilburg een voetbalclub opgericht door Gerard de Ruiter, stagiair bij de NS hoofdwerkplaats in Tilburg. Omdat hij van voetbal hield, maar Noord-Brabant nog niet erg bekend was met deze sport, zocht hij een groep van twaalf mannen bij elkaar. Zij richten in Café Marinus de nieuwe voetbalclub Tilburgia. Na anderhalf jaar wordt de naam gewijzigd in Willem II, naar de voormalige Koning der Nederlanden, die zijn militair hoofdkwartier tijdens de Belgische Veldtocht had gevestigd in Tilburg en daar in 1849 ook overleed. Hoewel er in de eerste jaren vooral sprake was van een gezelligheidsvereniging, was Willem II aangesloten bij de Brabantse Voetbalbond. In 1904 treedt de club ook toe tot de Nederlandse voetbalbond (de huidige KNVB). Het Zuiden telde in de beginjaren van de Nederlandse Voetbal Bond niet echt mee in het voetbal. Het waren immers vooral de clubs uit het Westen die de prijzen wonnen. In 1916 echter bracht Willem II uit daar verandering in, want Willem II behaalde namelijk in dat jaar haar eerste Landskampioenschap.

Het elftal bestond toen uit: Walter van den Bergh, Harrie van Gerwen, Louis Marsé, Pim Versluys, Harrie Mommers, Louis Schollaert, Harrie van Asten, Jos van Son, Toon van Son, Tinus van Beurden en Jef Briaire. Tijdens de oorlog was het stadion van Willem II voor een groot deel ontdaan van haar hout dat als brandhout werd gebruikt. In eerste instantie wilde men de accommodatie volledig opknappen. Later ging men over op de bouw van een geheel nieuw stadion. Wat nogal gewaagd was, want net na de oorlog waren bouwmaterialen zeer schaars. En de kosten van het stadion, ruim één miljoen gulden, logen er ook niet om. In 1947 ging de eerste spade de grond in en in begin 1948 was het grasveld klaar om bespeeld te worden. In de jaren daarna werd nog een aantal aanpassingen aan het stadion gedaan. Successen bleven in de nieuwe omgeving niet uit. In het jaar 1952 werd Willem II voor de 2e keer in haar bestaan Landskampioen. Terend op dit succes kreeg het Gemeentelijk Sportpark in 1953 nog een nieuwe overdekte hoofdtribune.

Nadat de KNVB in november 1954 besloot tot invoering van (semi) professioneel voetbal in Nederland, werd Willem II in 1955 de eerste Landskampioen van het betaald voetbal. Op de laatste speeldag kon Willem II kampioen worden, maar dan moest het winnen van FC Eindhoven en dan moest NAC verliezen van PSV. Willem II won met 2-3 bij Eindhoven en PSV won uit bij NAC, zodat Willem II de eerste landskampioen in het betaald voetbal werd. Met spelers Chris Feijt, Jan Smolders, Jo Mommers, Piet van Bladel, Jef Mertens, Janus Wagener, Piet van Beers, Jan Brooijmans, Rinus Formannoy, Frans van Loon, Jan van Roessel, Piet van Neer, Cees Dikmans, Jan van de Luijtgaarden, Sjel de Bruyckere, Toon Becx en Piet de Jong schreven de Tricolores onder leiding van trainer František Fadrhonc historie. Willem II mocht daarom als eerste Nederlandse club naar de Europa Cup I, maar meldde zich af zodat PSV zijn Europese debuut kon maken. Willem II degradeerde in het seizoen 1966-1967 naar de eerste divisie door te eindigen als achttiende en daarmee laatste ploeg op de ranglijst van de eredivisie. De Tilburgers wonnen dat seizoen twee partijen, thuis tegen SC Fortuna ''54 (2-1) en Telstar (5-2). Op bezoek bij ADO leed de club met 6-1 de grootste van in totaal 23 nederlagen dat seizoen. De degradatie vormde de inleiding tot de sportief slechtste periode van Willem II sinds de invoering van het betaalde voetbal. De Tilburgers zagen de eredivisie pas weer terug in het seizoen 1979-1980. Het jaar daarvoor werd het onder trainer Henk de Jonge met onder meer Bud Brocken, Martin van Geel, Johan Havermans, Johan Huybregts en Henk van Rooy in het team derde in de eerste divisie. Het won vervolgens de nacompetitie (met een één goal beter doelsaldo) ten koste van Fortuna Sittard, FC Groningen en Telstar, in die volgorde. De jaren tussen de initiële degradatie en de rentree in de eredivisie leidde Willem II een grijs bestaan op het op één na hoogste niveau. Vaker wel dan niet eindigde de club in het rechterrijtje en in het seizoen 1973-1974 leverde het zelfs de slechtste prestatie in haar bestaan in het betaalde voetbal. Het werd destijds achttiende van de twintig clubs die op dat moment de eerste divisie vormden. Alleen Veendam en De Volewijckers eindigden lager. Het is een tijd van financiële zorgen en reorganisatie. Op 11 april 1972 komt er een nieuwe verenigingsvorm. De club krijgt de officiële naam Sportclub Tilburg/Willem II en bestaat uit een Afdeling Betaald Voetbal met de naam Sportclub Tilburg en een Amateurafdeling met de naam Willem II. Dit blijkt echter onpraktisch en voor buitenstaanders verwarrend, waarop in december 1972 wordt terug gekeerd naar de naam Willem II. Willem II baart op 1 februari 1974 wel opzien in positieve zin met de opening van het allereerste voetbalinternaat in Nederland. Dit leidt op korte termijn niet tot hernieuwde sportieve successen.

Door de promotie onder leiding van Henk de Jonge kwam Willem II van midden 1979 weer uit in de Eredivisie. Hoewel de sportieve euforie enorm is, hebben de Tilburgers financieel grote zorgen. In de jaren zeventig is een schuldenlast van 1,2 miljoen gulden opgebouwd. Dat leidt tot grote financiële zorgen die rond de kerst van 1981 escaleren. De FIOD valt binnen en de schuldenlast wordt geopenbaard. Een commissie stelt dat er financieel orde op zaak moet worden gesteld. De rechtbank verleent Willem II op 28 juni 1982 surseance van betaling. Vanaf dat moment worden allerlei initiatieven genomen om betaald voetbal in Tilburg mogelijk te houden. Onder leiding van Wim Groels wordt een strakke regie gevoerd die uiteindelijk moet leiden tot de redding van de club. Voor het eerst gaat Willem II spelen met shirtreclame (Tempofoon), de Stichting Behoud Betaald Voetbal Regio Tilburg haalt 200.000 gulden op en er worden afspraken gemaakt met de Belastingdienst en het bedrijfsleven. Dat leidt er uiteindelijk toe dat in februari 1984 de surseance van betaling wordt opgeheven. Hoewel financieel gezond, de hervorming heeft gevolgen gehad voor de sportieve prestaties. In 1984 degradeert Willem II opnieuw uit de Eredivisie.

Midden jaren tachtig wordt Piet de Visser aangesteld als trainer van Willem II. Hij kan met talenten uit de regio voortbouwen op het fundament dat is gelegd door de sanering van de jaren er voor. In 1987 dwingt de club promotie af door als tweede te eindigen achter kampioen FC Volendam. Die plek werd toen nog beloond met rechtstreekse promotie, en dus maakt Tilburg zich op voor een waar volksfeest. Onder leiding van eerst De Visser en later zijn protegé Adrie Koster en Jan Reker wordt gewerkt aan een stabiele Eredivisie club. En met succes. De prestatie verbeteren in de eerste helft van de jaren negentig met het seizoen. Ook blijkt de club een kweekvijver voor toekomstige topspelers. Het is de tijd van het doorbreken van onder andere Ulrich van Gobbel, Marc Overmars, Jean-Paul van Gastel, John Veldman, Louis Laros en Jaap Stam. Willem II is weer gezond en als een van de eerste clubs bouwt het een nieuw stadion. In 1995 opende toenmalig burgemeester van Tilburg Gerrit Brokx het nieuwe Willem II Stadion.

Met trots viert Willem II haar honderdjarig bestaan in augustus 1996. De viering is een aaneenschakeling van hoogtepunten, zoals de aanbieding van de in ere herstelde clubvlag, het fraaie jubileumboek, het door Willem II gewonnen jubileumtoernooi, een druk bezochte receptie en een grandioos verenigingsfeest.

Eind 2000 is besloten het BVO-deel van Willem II juridisch af te zonderen van de Vereniging Willem II welke in 1896 is opgericht. Daarmee is een formele tweedeling ontstaan en treden er twee besturen op die het gedachtegoed en de naam Willem II uitdragen.

Naarmate ook de jeugdopleiding zich sterker ontwikkelde, ontstond er een grotere kloof tussen het betaald voetbal-deel en de amateurs. Dat was uiteindelijk ook aanleiding tot de boedelscheiding. De BVO gaat door als een BV en de amateurs bespelen samen met de jeugdopleiding het sportcomplex naast het stadion aan de Goirleseweg. Nadat de Jeugdopleiding samen opgaat met RKC verhuizen deze naar het complex van Ons Vios en zijn de amateurs de enige vereniging op het sportcomplex

Rond 2009 komt de vereniging in de problemen doordat de gemeente de grond rondom het stadion aan een projectontwikkelaar verkoopt. In deze plannen is geen plaats voor sportvelden. Eerst verhuizen de buren van hockeyclub Forward naar de Oude Waranda. In juli 2011 fuseren zij met TMHC Tilburg tot de nieuwe club HC Tilburg. Aan Willem II amateurs doet de gemeente Tilburg beloften voor nieuwe vervangende accommodatie met een nieuw clubhuis en 7 velden. Maar daar komt door de economische crises niets van terecht. De nieuwbouw van de huizen wordt jarenlang uitgesteld en de overnameprijs met het bouwconsortium steeds  opnieuw onderhandeld.

Uiteindelijk is er voor de amateurs geen nieuwe locatie beschikbaar en wordt de vereniging gedwongen het sportcomplex te verlaten. De huur wordt door de gemeente per 1 januari 2014 opgezegd en nog geen twee weken worden het paviljoen en de kleedkamers gesloopt. Met een zeer bescheiden vergoeding vertrekt de vereniging naar het stadsdeel Noord, waar ze intrekken bij de studentenclub TSVV Merlijn.

De samenwerking met de studenten is niet ideaal. Er is onvoldoende veldcapaciteit om te trainen, terwijl veel (jeugd)leden afhaken. De vereniging krimpt en zoekt naar een oplossing om toch weer op een eigen sportcomplex te voetballen. De oplossing wordt gevonden bij buurman SV Nordea. Met deze fusieclub, voortgekomen uit VV JPS en RKSV SET, klikt het sportief en organisatorisch uitstekend. Aan het einde van het seizoen 2014-2015 gaat de fusieclub op in de Vereniging Willem II. Deze laatste gaat nu het sportcomplex Noorderpark bespelen. De tricolores krijgen daarmee de beschikking over kleedkamers, wedstrijd- trainingsvelden, en uiteraard een multifunctioneel clubgebouw. Voorafgaand aan het nieuwe voetbalseizoen wordt het sportcomplex opgeknapt en van een Willem II uitstraling voorzien.